Scientific journal
Modern problems of science and education
ISSN 2070-7428
"Перечень" ВАК
ИФ РИНЦ = 0,813

COPY NUMBER VARIATION OF GENETIC LOCI – A PREDICTIVE MARKER OF METASTASIS IN STOMACH CANCER PATIENTS

Kit O.I. 1 Vodolazhskiy D.I. 1 Kutilin D.S. 1 Tatimov M.Z. 1 Gudueva E.N. 1 Maslov A.A. 1
1 Rostov Research Institute of Oncology
Рак желудка характеризуется высокой летальностью, при этом метастазы возникают у 80-90% больных. В связи с этим поиск потенциальных молекулярных маркеров, пригодных для раннего прогнозирования возникновения метастазов является актуальной задачей. Выполнен анализ относительной копийности 20 генетических локусов, ответственных за апоптоз, онкогенез, пролиферацию и окислительное фосфорилирование методом Real-Time qPCR в 30 образцах тканей желудка (опухолевых и условно здоровых): 9 пациентов с метастазами в лимфатических узлах и 21 пациента без метастазов. Полученные данные позволили выделить генетические локусы - OCT4, MTDNA, CASP3 и CFLAR - которые можно использовать в качестве предиктивных маркеров при прогнозировании развития метастазов у пациентов с диагнозом рак желудка. Анализ данных показал высокую прогностическую ценность соотношения генетических локусов p53/MDM2 для оценки вероятности развития метастазов.
Stomach cancer has a high mortality rate, with metastases occur in 80-90% of patients. Therefore search for potential molecular markers that are suitable for early prediction of metastasis is an actual problem. Analysis of relative copy number of 20 genetic loci responsible for apoptosis, tumorigenesis, cell proliferation and oxidative phosphorylation of 60 gastric tissue samples (tumor and apparently healthy) from 9 patients with lymph node metastases and 21 patients without metastases was performed by Real-Time qPCR. The obtained data allowed to identify genetic loci - OCT4, MTDNA, CASP3 and CFLAR, which can be used as predictive markers in forecasting the metastasis development in patients diagnosed with stomach cancer. Data analysis showed a high predictive value of p53/MDM2 genetic loci ratio to assess the likelihood of metastasis development.
copy number of gene
stomach cancer
metastases
apoptosis
energy metabolism

По данным ВОЗ рак желудка характеризуется высокой летальностью: у мужчин более 460 тыс. человек в год, и у женщин – более 270 тыс. человек в год [6]. Метастазы возникают у 80-90 % больных раком желудка, при этом выживаемость составляет 65% в случае ранней диагностики заболевания и менее 15% на поздних стадиях процесса [9]. Поэтому исследования механизмов канцерогенеза необходимы для поиска потенциальных молекулярных маркеров, пригодных для ранней диагностики и прогнозирования течения заболевания.

Раковые клетки получают возможность выживать в организме за счет изменения в сигнальных путях, обеспечивающих приобретение автономной регуляции постоянного клеточного роста; иммортализации, нечувствительности к сигналам, ингибирующим клеточную пролиферацию; резистентность к сигналам апоптоза; неограниченного потенциала к пролиферации; способности поддерживать ангиогенез; способности к инвазии и метастазированию. Молекулярные изменения, ответственные за приобретение вышеуказанных свойств, могут использоваться в качестве онкомаркеров [2].

Изменение копийности генов (Copy Number Variation или CNV) является одним из основных механизмов контроля раковой клеткой ключевых для выживания и малигнизации экспрессии генов. Копийность генов – вид генетического полиморфизма, возникающий в результате несбалансированных хромосомных перестроек, таких как делеции и дупликации. Результатом вариации может явиться снижение или повышение числа копий определенного гена, и, следовательно, пониженная или повышенная экспрессия продукта гена – белка или не кодирующей РНК [2]. CNV представляют собой критические генетические события, которые способствуют развитию и прогрессированию злокачественных новообразований у человека. CNV является одним из основных механизмов контроля экспрессии потенциальных онкогенов и генов-супрессоров опухолей раковыми клетками [2].

Анализ литературы позволяет сделать заключение о том, что значение CNV в качестве фактора малигнизации тканей ранее было недооценено. Так, в работе Günther T. и соавт. [4] изучена амплификация гена MDM2 при раке желудка и показано, что увеличение копийности этого гена коррелирует с увеличенной экспрессией белка MDM2 и понижением экспрессии белка p53. Ген MDM2 локализован на хромосоме 12 и считается негативным регулятором функции белка р53. MDM2/P53 путь является важной составной частью канцерогенеза. В работах Y-D Wang и соавт. [10] рассмотрена роль транскрипционного фактора OCT4 в опухолеобразовании при аденокарциноме желудка. Ими установлено повышение экспрессии гена OCT4 в опухолевых клетках по сравнению с прилегающими условно здоровыми тканями, тканями атрофического гастрита и желудочной язвы, а также то, что это изменение происходит совместно с изменением экспрессии генов SOX2, NANOG и С-MYC.

Точная характеристика числа копий генов определяет возможность создания предиктивных маркеров малигнизации тканей. Поэтому целью нашего исследования стало исследование относительной копийности генетических локусов, ответственных за апоптоз, онкогенез, пролиферацию и окислительное фосфорилирование в тканях опухолевых и здоровых тканях желудка пациентов с метастазами в лимфатических узлах и без метастазов.

Материалы и методы

Клиническим материалом для исследования послужили ткани (опухолевые и условно здоровые) 30 пациентов Юга России с гистологически подтвержденным диагнозом рак желудка: с наличием метастазов в лимфоузлы (9 пациентов) и без метастазов (21 пациент). Образцы тканей были получены в процессе хирургического вмешательства в Ростовском научно-исследовательском онкологическом институте (РНИОИ) с 2013 по 2015 гг. Все пациенты, вошедшие в данное исследование, имели ECOG статус от 0 до 2. Для верификации образцов тканей проводилось стандартное патолого-морфологическое исследование с окрашиванием фиксированных срезов гематоксилин-эозином. Биоптаты тканей после проведения патолого-морфологического исследования классифицировали на две группы: опухолевые (малигнизированные) и контрольные (не малигнизированные) образцы.

Геномную ДНК экстрагировали из свежезамороженных операционных биоптатов тканей желудка с использованием лизирующего SDS- содержащего буфера в присутствии протеиназы–К и последующей фенол-хлороформной экстракцией [2, 3]. Концентрацию полученных препаратов ДНК измеряли на флюориметре Qubit 2.0® (Invitrogen, США) с использованием набора Quant-iT™ dsDNA High-Sensitivity (HS) Assay Kit (Invitrogen, США). Для проведения Real-Time qPCR концентрацию образцов ДНК нормализовывали до величины 2 нг/мкл.

Определение относительной копийности генетических локусов проводили методом Real-Time qPCR (RT-qPCR). Принцип метода заключается в одновременной амплификации гена-мишени и референтного гена в опытной и контрольной пробах. Вывод об изменении дозы гена делается на основании анализа соотношения сигналов, продуцируемых ампликонами изучаемой и референсной последовательностей [2]. Метод использует относительную количественную оценку интересующего гена в сравнении с референсным геном. Относительная величина определялась методом ΔΔCt [7]. Каждые 25 мкл ПЦР-смеси для анализа содержали 10 нг геномной ДНК, 0.2 mM dNTP’s, по 400 нМ прямого и обратного праймеров для референтного гена (B2M) или гена-мишени, 2.5 mM MgCl2, ПЦР-буфер, 0.05u/µl SynTaq ДНК-полимеразы с ингибирующими активность фермента антителами («Синтол», Россия). В качестве красителя использовали SYBR®Green I (Invitrogen, США). Амплификация каждой из проб осуществлялась в трех повторностях. Первичные данные RT-qPCR получали с использованием программного обеспечения Bio-Rad CFX Manager ver 3.1.

Количественная RT-PCR амплификация проводилась с использованием термоциклера Bio-Rad CFX96 (Bio-Rad, USA) в соответствии с инструкциями производителя по следующей программе: 95 °C 3 мин., и 40 циклов при 95 °C 10 сек, 58 °C 30 секунд (чтение оптического сигнала FAM для красителя SYBR®Green I) и 72°C 15 секунд. Показатели относительной копийности выбранных для исследования генетических локусов были получены методом количественной Real-Time PCR с использованием разработанной нами панели праймеров (таблица 1). Прямые и обратные праймеры были разработаны с использованием референтных последовательностей ДНК NCBI GenBank. Генетический локус B2M [2] использовали в качестве референтного для нормализации полученных показателей количественной RT-qPCR.

Таблица 1

Панель праймеров для определения относительной копийности генов

№№

Наименование

№№ NCBI GenBank

Хромосомная локализация

1.

HV2_Hum34

NC_012920.1

mitochondrion

2.

B2M

NM_004048.2

15q21-q22.2

3.

GAPDH

NM_002046.5

12p13

4.

BAX

NM_138761.3

19q13.3-q13.4

5.

GSTP1

NM_000852.3

11q13

6.

CASP3

NM_004346.3

4q34

7.

CASP8

NM_001080125.1

2q33-q34

8.

HIF1α

NM_001530.3

14q23.2

9.

OCT4 (POU5F1)

NM_001285987.1

6p21.31

10.

C-MYC

NM_002467.4

8q24.21

11.

SOX2

NM_003106.3

3q26.3-q27

12.

BCL2

NM_000633.2

18q21.3

13.

CFLAR

NM_003879.5

2q33-q34

14.

NANOG

NM_024865.2

12p13.31

15.

P53

NM_000546.5

17p13.1

16.

CASP9

NM_032996.3

1p36.21

17.

IL10

NM_000572.2

1q31-q32

18.

MKI67

NM_002417.4

10q26.2

19.

MDM2

NM_002392.5

12q13-q14

20.

NFKB1

NM_003998.3

4q24

Усредненные данные по каждому генетическому локусу нормировались по усредненному показателю референтного гена B2M для получения величины ΔCt (ΔCt=Ct(исследуемого гена) – Ct(B2M)) Относительную копийность генетического локуса (RQ) рассчитывали по формуле 2-ΔCt. Далее вычисляли медиану [1] RQоп опухолевых образцов и медиану RQк контрольных (условно нормальная ткань) для каждого генетического локуса и рассчитывали соотношение относительной копийности генов в опухолевой ткани по отношению к нормальной ткани желудка: RQоп/RQк [2].

Статистический анализ выполняли с использованием прикладных пакетов программ Microsoft Excel 2013 и STATISTICA 8.0. Оценку различий проводили с использованием критерия Манна-Уитни [1] для порогового уровня статистической значимости р<0.05.

Результаты и обсуждение

Сравнение относительной копийности генетических локусов в опухолевой и условно-здоровой ткани пациентов без метастазов в лимфоузлы показало статистически достоверное (p<0.05) снижение относительной копийности генов OCT4 и MTDNA на 50% и 30% соответственно в опухолевой ткани относительно условно здоровой (Рисунок 1). Ген OCT4 кодирует транскрипционный фактор, участвующий в самообновлении недифференцированных эмбриональных стволовых клеток. Нокдаун гена OCT4 вызывает дифференцировку эмбриональных стволовых клеток человека [2]. Обнаруженное снижение его копийности в опухолевой ткани желудка у пациентов без метастазов в лимфоузлы отличается от данных литературы [10] и может свидетельствовать об особом молекулярном статусе опухолей желудка из данной выборки.

Рис. 1. Отношение копийности генов в опухолевой ткани желудка к условно нормальной у пациентов с метастазами и без метастазов в лимфоузлах

Обнаруженное снижение относительной копийности митохондриальной ДНК (мтДНК) находит подтверждение в данных литературы [8]. Подобное изменение числа копий митохондриальных генов, характерное для раковых клеток, ингибирует окислительное фосфорилирование, осуществляемое в митохондриях, и изменяет состояние биоэнергетики малигнизированных клеток, переводя клетки в режим преимущественного использования гликолиза (анаэробный режим). Это объясняет так называемый эффект Варбурга [8]. Количество копий мтДНК в клетке может служить индикатором интенсивности процессов окислительного фосфорилирования в силу своей пластичности. Полученные нами данные хорошо подтверждают факт угнетения процессов окислительного фосфорилирования в малигнизированных тканях желудка, оцениваемое по уменьшению относительной копийности митохондриальной ДНК (оцениваемое по локусу HV2).

Аналогичное сравнение копийности генетических локусов в опухолевой и условно-здоровой ткани пациентов с метастазами в лимфоузлах показало статистически достоверное (p<0.05) снижение копийности гена CASP3 на 38% в опухолевой ткани относительно условно здоровой (рисунок 1). Снижение копийности гена CASP3 может свидетельствовать о высоком потенциале к ингибированию эффекторной фазы апоптоза в клетках опухолей, дающих метастазы в лимфоузлы.

Так же было проведено сравнение копийности генов в опухолевой ткани пациентов с метастазами относительно копийности генов в опухолевой ткани пациентов без метастазов (Рисунок 2). Было обнаружено достоверное снижение копийности гена CFLAR на 50% (p<0,05) и достоверно увеличение относительной копийности mtDNA на 90% (p<0.05). Ген CFLAR кодирует белок регулятор апоптоза и структурно похож на каспазу-8, тем не менее, у кодируемого белка отсутствует активность каспазы, и он действует как ингибитор апоптоза [5].

Рис. 2. Отношение копийности генов в опухолевой ткани желудка у пациентов с метастазами к копийности генов в опухолевой ткани желудка у пациентов без метастазов в лимфоузлах

Более низкая копийность гена CFLAR в метастазирующей опухоли может свидетельствовать о менее выраженной способности к ингибированию апоптоза, чем в не метастазирующей опухоли, а, следовательно, существует вероятность более высокой интенсивности апоптических процессов в подобных опухолях по сравнению с неметастазирующими, но не по сравнению с нормальной тканью (копийность гена CASP3 достоверно снижена в таких опухолях по сравнению с нормальной тканью (рисунок 1)).

Повышенная копийность митохондриальной ДНК (HV2) в опухолях желудка у пациентов с метастазами относительно опухолей у пациентов без метастазов может отражать особенности энергетического метаболизма данной ткани с повышенной интенсивностью процессов окислительного фосфорилирования в митохондриях, переводящей клетки в аэробный режим для обеспечения их распространения из первичного очага в другие органы [8].

Особый интерес представляют данные полученные в результате сравнения копийности про- и антиапоптозных генов p53 и MDM2 в опухолевых и условно здоровых тканях желудка пациентов с метастазами и без метастазов (таблица 2). У группы пациентов без метастазов в нормальной и опухолевой ткани соотношение копийности генов p53/MDM2 составляет 1.169 и 1.414 соответственно, что говорит о более высокой копийности гена p53 по сравнению с копийностью гена его негативного регулятора MDM2. Противоположный результат получен для группы пациентов с наличием метастазов в лимфоузлах: у них в нормальной и опухолевой ткани желудка соотношение копийности генов p53/MDM2 составляет 0.021 и 0.027 соответственно, причем данные значения достигаются за счет увеличения копийности гена MDM2, что свидетельствует о ярко выраженной отрицательной регуляции гена P53 в этих клетках.

Таблица 2

Соотношение копийности про- и анти-апоптозных генов p53 и MDM2 в опухолевых и условно здоровых тканях желудка пациентов с метастазами и без метастазов в лимфоузлах

Тип ткани

Пациенты с метастазами

Пациенты без метастазов

CNV p53

CNV MDM2

p53/MDM2

CNV p53

CNV MDM2

p53/MDM2

Нормальная

0,299

14,514

0.021

0,221

0,189

1.169

Опухоль

0,199

7,380

0.027

0,270

0,191

1.414

Заключение

Таким образом, использование трех разных подходов в оценке копийности генов (соотношение копийности в опухолевой ткани относительно нормальной ткани желудка, соотношение копийности в опухолевой ткани у пациентов с метастазами относительно опухолевой ткани у пациентов без метастазов, соотношение копийности генов p53/MDM2) позволяет выделить генетические локусы (OCT4 и mtDNA, CASP3, CFLAR и mtDNA), а также соотношение генетических локусов (p53/MDM2), которые можно использовать в качестве предиктивных маркеров при прогнозировании развития метастазов у пациентов с диагнозом рак желудка.

Рецензенты:

Франциянц Е.М., д.б.н., профессор, руководитель лаборатории изучения патогенеза злокачественных опухолей ФГБУ «Ростовский научно-исследовательский онкологический институт» МЗ РФ, г. Ростов-на-Дону;

Горошинская И.А., д.б.н., профессор, главный научный сотрудник лаборатории изучения патогенеза злокачественных опухолей ФГБУ «Ростовский научно-исследовательский онкологический институт» МЗ РФ, г. Ростов-на-Дону.