Данное исследование посвящено биоинформационному поиску новых регуляторных структур в некодирующей ДНК, расположенной вокруг паттернов генов, существенно изменивших уровень экспрессии в ответ на окислительный стресс. Выдвинута гипотеза, что все гены, повысившие экспрессию в ответ на окислительный стресс, могут иметь одинаковые мотивы в некодирующей ДНК. Для поиска мотивов была создана интегрированная коллекция баз данных транскрипционных сайтов связывания – JASPAR, TRANSFAC, Нocomoco ТФ Homo sapiens, Uniprobe ТФ Mus musculus. Исследованы два типа регуляторных областей: промоторные области и последовательности с захватом потенциальных цис-регуляторных модулей. В регуляторных областях всех генов, повысивших экспрессию в ответ на окислительный стресс, в отличие от генов, не изменивших уровень экспрессии, выявлены транскрипционные факторы семейств SOX(1-30) и HX (A, B, C, D).
This study focuses on bioinformatics search for new regulatory structures in the non-coding DNA, located around the patterns of gene expression levels changed significantly in response to oxidative stress. Hypothesized that all of the genes increase the expression in response to oxidative stress may have the same motifs in non-coding DNA. To search for motifs created an integrated collection database of transcription binding sites - JASPAR, TRANSFAC, Hocomoco TF Homo sapiens, Uniprobe TF Mus musculus. Two types of regulatory regions: the promoter region and the sequence with the capture of potential cis-regulatory modules. In the regulatory regions of genes increase the expression in response to oxidative stress, in contrast to the gene expression level did not change, families of transcription factors identified SOX (1-30) and HX (A, B, C, D).
1. Гуськов Е.П. [и др.] Мутационные процессы у животных, предадаптированных к окислительному стрессу // Экологическая генетика. – 2009. – T. VII. – № 1. – С. 40-47.
2. Шкурат Т.П. [и др.] Поиск новых механизмов предадаптации мозга животных к окислительному стрессу, с использованием технологии dna array // Современные проблемы науки и образования. – 2011. – № 5. – URL: www.science-education.ru/99-4888.
3. Allen J.D., Lints T., Jenkins N.A., Copeland N.G., Strasser A., Harvey R.P., and Adams J.A. 1991. Novel murine homeo box gene on chromosome 1 expressed in specific hematopoietic lineages and during embryogenesis. Genes & Dev.5: 509-520.
4. Dunham I., Kundaje A. The ENCODE Project Consortium. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. – Nature (2012), Vol. 489: р. 57-74.
5. Guskov E.P., Mashkina E.V., Belichenko N.I., Vardun T.V., Volosovtsova G.I., Pokudina I.O., Guskov G.E. and Shkurat T.P. Mutation processes in oxidative stress preadapted animals\\ Russian Journal of Genetics: Applied Research Volume 1, Number 2 (2011), 112-118.
6. Guskov E.P., Shkurat T.P., Shimanskaja E.I., Guskova S.I. Genetic effects of hyperbaric oxygen therapy// Mutation Research/Genetic ToxicologyVolume 241, Issue 4, August 1990, Pages 341–347.
7. Guimont P, Grondin F, Dubois C: Sox9-dependent transcriptional regulation of the proprotein convertase furin. American journal of physiology. Cell physiology 2007, 293:C172-183