С помощью биоинформатического подхода и метода компьютерного моделирования проанализирована вероятность связывания холестерина (ХС) с регуляторно-промоторной областью гена р53 человека. В опытах invitro показано, что холестерин взаимодействует с олигонуклеотидной последовательностью участка гена минимально с тремя нуклеотидами. Выявлено, что наиболее предпочтительными сайтами связывания холестерина с олигонуклеотидными последовательностями ДНК являются триплеты: ctAAAaa, agTATct, ttTTAac, фланкированные определенными нуклеотидами. ДНК в комплексе с холестерином гидролизуется HinfI по сайтам рестрикции с различной эффективностью. Определяющим фактором является значение рН среды. Наиболее полная рестрикция комплекса ДНК-ХС происходит в сильнощелочной среде, наименее полная в слабощелочной среде. Полученные данные свидетельствуют о возможном влиянии холестерина на транскрипционную активность гена и его регуляторной роли в экспрессии генов.
Using bioinformatics approach and a method of computer modeling analyzed the probability of binding cholesterol from the regulatory and promoter region of the human p53 gene. The invitro experiments demonstrated that cholesterol is reacted with the oligonucleotide sequence portion of the gene with minimal three nucleotides. It was found that the most preferred binding sites for cholesterol with oligonucleotide sequences of DNA triplets are: ctAAAaa, agTATct, ttTTAac, flanked by certain nucleotides.DNAcomplexed with cholesterol hydrolyzed by HinfI restriction sites with different efficiency. The determining factor is the pH values. The most complete restriction of the DNA-cholesterol takes place in a highly alkalineenvironment, the least complete in a slightly alkaline environment. These data suggest a possible effect of cholesterol on the transcriptional activity of the gene and its regulatory role in gene expression.
1. Бойко Н.И. Моделирование взаимодействия ДНК с диглицеридами / Н.И. Бойко, Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков и др. // Известия Академии наук. Серия химическая. – 2008. – № 8. – С. 1741-1744.
2. Жданов Р.И. Структура и стабильность комплексов олигомеров ДНК с жирными кислотами по данным молекулярной механики / Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков, Н.Б. Стражевская и др. // Доклады Академии наук. – 2003. – Т. 390, № 4. – С. 548-552.
3. Жданов Р.И. Структурная липидомика. Холестерин и его эфиры в геномной ДНК эукариот: биохимический анализ и компьютерное моделирование / Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков, Н.Б. Стражевская и др. // Патогенез. – 2003. – № 1. – С. 55-61.
4. Трофимов В. А. Влияние холестерола на экспрессию генов раннего ответа и митотическую активность перитонеальных макрофагов /В.А. Трофимов, О.Н. Аксенова, А.В. Никулин, М.В. Ромашкина, Е.А. Иванова // Казанский медицинский журнал. – 2009. – Т. 90, № 4. – С.560-563.
5. Трофимов В. А. Характеристика спектра липидов фракций хроматина клеток печени мышей после частичной гепатэктомии / В. А. Трофимов, А. А. Дудко // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. – 2006. – Т. 141, № 1. – С. 85–88.
6. Boodram Laura-Lee. Extraction of genomic DNA from whole blood / Protocol Online – Your Lab's Reference Book – online database of research protocols in a variety of life science fields [Electronic resource]. 1999–2006. Mode of access: http://www.protocol-online.org/prot/Protocols/Extraction-of-genomic-DNA-from-whole-blood-3171.html