В работе представлена характеристика микробиоты дыхательных путей в зависимости от тяжести заболевания и других клинико-анамнестических особенностей. Цель исследования: сравнительное исследование таксономического состава орофарингеальной микробиоты у больных ХОБЛ различной степени тяжести. С помощью секвенирования консервативных участков бактериальной 16S рРНК исследованы орофарингеальные мазки 57 пациентов с ХОБЛ средней степени тяжести и 31 пациента с тяжелой и очень тяжелой ХОБЛ, со стажем болезни 12 месяцев и более, отсутствием обострений и системной терапии антибиотиками на протяжении предшествующих 4 недель и более. Орофарингеальная микробиота больных ХОБЛ независимо от степени тяжести характеризовалась сходным таксономическим составом. Среди наиболее представленных бактериальных родов в структуре исследованных метагеномов определены Streptococcus, Prevotella, Veillonella и Fusobacterium. Микробиота больных ХОБЛ 2-й степени тяжести в сравнении с образцами ХОБЛ 3–4-й степени отличалась меньшим содержанием Prevotella melaninogenica, более высокой представленностью типа Proteobacteria, а также Brevibacterium aureum, представителей родов Scardovia, Lachnospiraceae, Veillonellaceae, Coprococcus, Gemellaceae, Haemophilus, Moryella, Dialister, Paludibacter и Leptotrichiaceae. Выявлена отрицательная связь содержания Proteobacteria с частотой обострений, госпитализаций и выраженностью одышки. Представленность Prevotella отрицательно коррелировала с выраженностью кашля и продукцией мокроты.
This work is an actual description of the respiratory microbiota, depending on the severity of the disease and other clinical and anamnestic features. Objective: a comparative study of the oropharyngeal microbiota taxonomic composition in patients with COPD of varying severity. Using sequencing of conserved regions of bacterial 16S rRNA were investigated oropharyngeal swabs of 57 patients with COPD of moderate severity and 31 patients with severe and very severe COPD, with the experience of the disease 12 months or more, the absence of exacerbations and systemic antibiotic therapy within the previous 4 weeks or more. Oropharyngeal microbiota in patients with COPD, regardless of the severity characterized by similar taxonomic (qualitative) structure. Among the most represented in the structure of bacterial genera were identified Streptococcus, Prevotella, Veillonella and Fusobacterium. Microbiota in patients with COPD severity 2 in comparison with samples of COPD 3-4 degrees are less content Prevotella melaninogenica, higher representation of the type of Proteobacteria, and Brevibacterium aureum, the genera Scardovia, Lachnospiraceae, Veillonellaceae, Coprococcus, Gemellaceae, Haemophilus, Moryella, Dialister, Paludibacter and Leptotrichiaceae. There was a negative relationship between the Proteobacteria content and exacerbation frequency, quantity of hospitalizations and dyspnea. Representation of Prevotella negatively correlated with the severity of cough and sputum production.
1. Федосенко С.В., Огородова Л.М., Фрейдин М.Б., Салтыкова И.В., Куликов Е.С., Деев И.А., Кириллова Н.А., Селиванова П.А., Балашева И.И. Состав сообщества микроорганизмов нижних дыхательных путей при хронической обструктивной болезни легких. – Клиническая медицина. – 2014. – 8: 26–32.
2. Caporaso J.G., Kuczynski J., Stombaugh J. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. – Nature Methods. – 2010. – doi:10.1038/nmeth.f.303.
3. Cénit M.C., Matzaraki V., Tigchelaar E.F., Zhernakova A. Rapidly expanding knowledge on the role of the gut microbiome in health and disease. – Elsevier. – 2014. – V. 1842: 1981–1992.
4. Hilty M., Burke C., Pedro H., Cardenas P., Bush A., Bossley C., Davies J., Ervine A., Poulter L., Pachter L., Moffatt M.F., Cookson W.O. Disordered microbial communities in asthmatic airways. – PLoS One. – 2010. – 5(1):e8578.
5. Huang Y.J., Kim E., Cox M.J., Brodie E.L., Brown R., Wiener-Kronish J.P., Lynch S.V. A persistent and diverse airway microbiota present during chronic obstructive pulmonary disease exacerbations. — OMICS. – 2010. — 14(1):9–59.
6. Larsen J.M., Musavian H.S., Butt T.M., Ingvorsen C., Thysen AH, Brix S. Chronic obstructive pulmonary disease and asthma-associated Proteobacteria, but not commensal Prevotella spp., promote Toll-like receptor 2-independent lung inflammation and pathology. — Immunology. 2015. — 144(2):333-42.
7. Lee Y.M. Chronic obstructive pulmonary disease: respiratory review of 2014. – Tuberc Respir Dis (Seoul). – 2014. – 77(4):155–60.
8. Paulson J.N., Pop M., Bravo H.C. MetagenomeSeq: Statistical analysis for sparse high-throughput sequncing. Bioconductor package: 1.6.0.
9. Sze M.A., Hogg J.C., Sin D.D. Bacterial microbiome of lungs in COPD. – Int J Chron Obstruct Pulmon Dis. – 2014. – 9: 229–238.
10. Wu D., Hou C., Li Y., Zhao Z., Liu J., Lu X., Shang X., Xin Y. Analysis of the bacterial community in chronic obstructive pulmonary disease sputum samples by denaturing gradient gel electrophoresis and real-time PCR. - BMC Pulm Med. — 2014. — 14:179.