Методы математического моделирования состоят не только из построения компьютерного образа, но и из проведения с ним вычислительного эксперимента. В этом – основное преимущество перед мысленным экспериментом теоретического метода в проведении многих начальных и граничных условий стартов компьютерных вычислений. Особенно актуально математическое моделирование в экологии, когда невозможно представить различные экологические ситуации в режиме реального времени. В статье рассматриваются конкретные примеры различных ситуаций. Значительную роль в методологии и методике математического моделирования в экологии обрели созданные математические пакеты, так называемые модельные конструкторы - «Математика», Mathlab, Мapl и MathCad. Элементарная топология позволяет содержательное описание процесса или явления представить через набор взаимодействующих факторов, а затем двигаться в направлении построения дискретной системы рекуррентных уравнений, описывающих динамику процесса или изменений явления.

Methods of mathematical modeling consists of not only construction of computer and from settlements with the computational experiment. This is the main advantage before the mind experiment theoretical method in conducting many initial and boundary conditions starts computing. Especially important mathematical modelling in ecology, when it is impossible to imagine different ecological situation in the real-time mode. The article considers specific examples of different situations. A significant role in methodology and methods of mathematical modeling in ecology has found the mathematical packages, so-called "model designers" – «Mathematics», «Mathlab», «Мapl» and «MathCad». Elementary topology allows a narrative description of the process or phenomenon to present through a set of interacting factors, and then move in the direction of creation of a discrete system of recurrence equations describing the dynamics of the process or change phenomena.